En 1999, c'est la première « moisson » à 2 300 mètres de profondeur – grâce au sous-marin Nautile de l'Ifremer – au large du golfe du Mexique. Pour l'équipe brestoise, il s'agit de comprendre le mode de vie de ces procaryotes des grands fonds. Et de traquer leurs éventuels virus. La tâche est ardue sur le plan technique – il faut adapter manipulations et matériel à leur hyperthermophilie – et conceptuel : « On ne savait pas quelle tête pouvaient avoir ces virus ! » 150 souches sont donc criblées au microscope électronique afin d'y repérer des formes de la taille d'un virus. Gagné ! La chercheuse met en évidence, sur une seule des souches, un virus en forme de citron, baptisé PAV1³. Côté morphologie, des chercheurs l'avaient déjà rencontrée chez des virus d'archéobactéries terrestres. Côté physiologie, c'est plus surprenant : in vitro, notre virus ne tue pas son hôte mais se contente de se reproduire avec lui au fil des générations. Fait-il de même en milieu naturel ? Et pourquoi ? Selon la théorie dominante, l'archéobactérie lui servirait d'abri contre le milieu hostile. « Mais il reste encore beaucoup de choses à décrypter chez PAV1, en particulier les fonctions codées par son génome, précise Claire Geslin. On sait déjà que celui-ci ne présente pas d'homologie de séquences avec d'autres virus connus. » Avec PAV1, les chercheurs tiennent une réserve de nouveaux gènes, donc de nouvelles fonctions biologiques et d'enzymes… susceptibles d'être un jour exploitées à des fins industrielles. Pour l'heure, il s'agit déjà de visualiser en cristallographie la structure d'une protéine de PAV1. De là, on espère remonter à sa fonction. Et avec une collection forte de 400 nouvelles souches, l'équipe a de quoi traquer la diversité virale de l'extrême.