Depuis les années soixante-dix, le nombre de nouveaux antibiotiques découverts a dramatiquement diminué. En parallèle, l'accroissement des maladies nosocomiales, ces infections contractées dans les hôpitaux, prouve que les antibiotiques utilisés aujourd'hui ne peuvent venir à bout de certains micro-organismes pathogènes résistants. En 2001, Renaud Nalin, chercheur au laboratoire « Écologie microbienne » (1) de Lyon, a pris le problème à bras-le-corps en créant Libragen, une société de biotechnologie dont le but initial était d'identifier de nouvelles molécules antibiotiques à partir de micro-organismes. Aujourd'hui, l'entreprise toulousaine tire son épingle du jeu : elle a identifié une centaine de bactéries capables de produire de nouveaux anti-infectieux et anti-prolifératifs. Si elle a des concurrents sur le marché pharmaceutique, son savoir-faire pour dénicher des « bactéries candidates » est unique. Moins de 5 % des micro-organismes existants ont été testés pour fabriquer des médicaments... quatre-vingts ans environ après qu'Alexander Fleming en a observé le rôle inhibant et compétitif. Pourquoi si peu ? Parce-que les 95% restants se révèlent très difficiles à isoler et à cultiver, étapes indispensables pour tester les molécules que ces micro-organismes peuvent produire. Pour accéder à cette bio-ressource bactérienne, les douze employés de Libragen ont contourné l'obstacle de la culture microbiologique. « À partir d'un échantillon environnemental (sol, eau, animal ou végétal), nous récupérons les bactéries, cultivables ou non. Nous les traitons pour en extraire de gros morceaux d'ADN génomique, que nous injectons dans un hôte, une bactérie cultivable. La bactérie hôte qui reçoit par cette méthode des gènes permettant la synthèse d'une molécule active pourra ensuite produire de grandes quantités de cette molécule par simple fermentation», explique Fabrice Lefèvre, venu apporter depuis peu son expertise en biologie moléculaire et ingénierie des protéines à l'équipe de Libragen. S'il est simple en théorie, ce procédé (protégé par quatre familles de brevets, dont un délivré aux USA) reste complexe à mettre en œuvre. « La découverte d'une nouvelle molécule anti-infectieuse ou anticancéreuse à partir d'un échantillon demande deux à quatre mois de recherche, avant que son spectre d'activité puisse être qualifié sur un panel de tests. » La société possède d'ores et déjà une banque de quelque 500 000 bactéries ainsi préparées et prêtes à être testées.