Le tout ne prend en théorie que quelques semaines, mais les biologistes ne peuvent pas s'en sortir sans l'aide d'informaticiens. Pour découper le chromosome, il leur faut en effet y repérer tous les endroits où peut débuter et finir l'amplification : en clair, détecter les amorces, petites séquences de 25 caractères dotées de caractéristiques biologiques particulières. Or le génome du staphylocoque doré comporte 2,8 millions de ­caractères ! Le recours au logiciel Genofrag, mis sur pied par l'Irisa, est donc indispensable : on trouve ainsi 10 000 à 20 000 amorces possibles.

« Parmi elles, explique Dominique Lavenier, on doit détecter celles qui permettent un recouvrement complet du génome. De plus, les morceaux qu'elles délimitent doivent avoir la même taille (environ 10 000 caractères), et se chevaucher les uns les autres (de 1 000 à 2 000 caractères). C'est typiquement un problème où le nombre de solutions explose de manière exponentielle. Il y en a de l'ordre de 10 puissance 100 ! » Pour trouver la bonne, l'équipe Symbiose a appliqué des techniques algorithmiques éprouvées basées sur la programmation dynamique. Au final, le logiciel Genofrag donne la liste des amorces en une minute ! Celles-ci ont permis aux chercheurs de l'Inra de valider la méthode sur douze souches de staphylocoque doré (d'origine humaine, bovine, ovine ou caprine), dont une séquencée. Reste désormais à passer à l'étape suivante, en appliquant cette méthode à un grand nombre d'autres souches…