Mieux comprendre le cancer

Pourquoi un gène s'exprime-t-il ou non au sein d'une cellule ?

Si depuis les années soixante l'explication la plus courante faisait appel à une notion déterministe de programmation génétique, une nouvelle théorie dite probabiliste est venue depuis tout remettre en question : un gène a tout simplement une probabilité de s'exprimer ou pas à tout moment. Des chercheurs de l'Inserm, du CNRS et de l'université Pierre et Marie Curie viennent de confirmer cette théorie en testant grâce à des simulations informatiques plusieurs hypothèses sur le comportement de cellules lors de leur différenciation. Ces résultats permettent notamment d'appréhender le cancer d'une nouvelle manière. Au lieu de proliférer de façon anarchique, la croissance d'une tumeur serait due à un déséquilibre de l'ensemble des facteurs impliqués dans l'organisation cellulaire, avec d'un côté les facteurs qui favorisent la stabilisation et de l'autre les facteurs qui stimulent la prolifération.

Pour en savoir plus :

http://www2.cnrs.fr/presse/communique/612.htm

Plus besoin de dévaliser les banques

Analyser les « textes » des génomes n'est pas une mince affaire compte tenu du volume d'informations à traiter. Pas moins de 3 milliards de caractères correspondent au génome humain et quelques millions à celui d'une bactérie. Autant de données emmagasinées dans des banques de séquences publiques.

Les biologistes, à l'aide d'outils informatiques, comparent un gène inconnu à ceux de cette « bibliothèque ». Seul hic : le rythme de croissance des données génomiques double tous les 12 mois, alors que les performances des ordinateurs doublent tous les 18 mois. L'Irisa, laboratoire de recherche, propose une solution : un prototype qui permet un accès rapide aux données en répartissant le « texte » des génomes sur une batterie de 48 disques lus simultanément. Ainsi, le temps de lecture est divisé par 48. Surtout, un dispositif matériel particulier est attaché à chaque disque, pour filtrer dans les banques seules les séquences génomiques qui présentent un intérêt.

Contact : lavenier@irisa.fr

http://www.interstices.info